Главным его делом была работа с А. А. Агиным над 100 иллюстрациями к поэме Н. В. Гоголя "Мертвые души". Когда из-за возражений Гоголя сорвалась идея украсить ими второе издание поэмы, Бернардский решил издавать их без текста, выпусками по четыре листа, взяв на себя всю организационную работу, включая поиски денег на издание. В конце 1846-го и начале 1847 г. вышли 18 выпусков с 72 рисунками, гравированными им, но из-за материальных трудностей и придирок цензуры дело прервалось, и все 100 иллюстраций увидели свет лишь в 1892 г.
В 1849 г. Бернардского привлекли к следствию по делу М. В. Петрашевского. Он был оправдан, но успел два с половиной месяца провести в заключении. Эти события тяжело подействовали на впечатлительного художника, угнетала его и вся атмосфера николаевской России. Работы его стали терять совершенство. Потом он сам куда-то сгинул, и никто не знал, чем он занимался и на что существовал последние тридцать лет своей жизни.