Профессиональные достижения молодого художника были оценены, и он получил ответственнейший заказ на копирование для АХ двух росписей Рафаэля в Ватикане. Поверив в свои силы, Бруни вознамерился сам создать великое произведение, избрав сюжетом для него эпизод из Ветхого Завета - историю Медного змия, поставленного Моисеем. Однако в 1836 г. ему пришлось прервать начатую работу и вернуться в Петербург, где он и К. П. Брюллов были назначены профессорами 2-й степени в АХ. За преподавание он взялся увлеченно, и студенты платили ему преданностью. В начале 1837 г. он исполнил "Портрет А. С. Пушкина на смертном одре", размноженный литографией и получивший широчайшую известность. Все же необходимость продолжить начатую работу заставила его в 1838 г. уехать в Италию и провести там еще два с половиной года. Законченный "Медный змий" в 1841 г. был доставлен в Петербург, где имел бурный успех, сравнимый разве что с триумфом "Последнего дня Помпеи" К. П. Брюллова. Мастерство живописца, сумевшего построить выразительную многофигурную композицию на громадном (565х852 см) полотне, подчинить драматизму сюжета свет и цвет, было бесспорно, а налет некоторой экзальтированности действовал на воображение зрителей. Однако картина принадлежала вчерашнему дню - дряхлеющему и вырождающемуся академизму, и это с фатальной неизбежностью определило дальнейшее угасание крупного таланта художника.
Правда, жизненный путь Бруни продолжался так же ровно, как начинался. "Медный змий" был приобретен за 70 000 рублей для Эрмитажа (сейчас находится в ГРМ), а его автор получил почетный заказ на росписи в еще достраиваемом Исаакиевском соборе. Он с присущей ему добросовестностью подошел к делу, дважды побывал в Риме, набираясь опыта работы в монументальном искусстве. К 1845 г. художник сделал все 25 картонов росписей и часть их осуществил сам, а исполнением остальных руководил лично. Постепенно Бруни достиг высокого положения: с 1855 г. стал ректором АХ. Он постоянно заседал в различных почетных комиссиях. Но живописью занимался вес меньше и меньше, а в последнее десятилетие жизни почти не брал в руки кисти. Художник все более отдалялся от людей, даже от собственных учеников, порой не видевших своего педагога неделями. К тому же его позиции ревностного хранителя основ академизма порождали неприязнь к нему у молодежи. В 1871 г. в результате интриг он был вынужден оставить пост ректора и сохранил за собой лишь руководство мозаичной мастерской, им самим организованной. Последние годы Бруни провел в надменном одиночестве человека, давно похоронившего то лучшее, что у него в душе было.